コネクトミクス開発ユニット

理化学研究所 脳神経科学研究センター

３D 脳アトラス／ビューア　デモ

ユニットについて

私達は、脳のコネクトーム解析とマッピングに研究上の重点を置いています。 量および複雑性が増加し続ける多様な実験データをどのように自動的に処理し理解していくかを課題としています。そのため私たちはデジタル脳アトラス、コネクトームベースの脳シミュレーション、そして包括的な脳画像データベースプラットフォームを開発しています。「革新的技術による脳機能ネットワークの全容解明プロジェクト（革新脳）」(https://brainminds.jp/) のメンバーとして、私達のグループはこれらの解決法をコモンマーモセット脳の研究に応用しています。異なる生物種や健康的な脳vs.病変した脳のコネクトームを解析する事は、新しい病気への処置法や治療法を生み出すのに役立ち、新しい人工知能と自立エージェントの道へと導くでしょう。

We are currently recruiting Research Scientist and Technical Staff.

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研究課題

AIを使ったセグメンテーション

U-netを使用しNanoZoomer画像よりトレーサー信号をセグメント化します

機械学習

脳アトラス

マーモセット脳領域のアトラス

アトラス

シミュレーション

TVB(The Virtual Brain)を使ったマーモセット脳シミュレーション

シミュレーション

データ処理パイプライン

Brain/MINDS 実験画像データの処理パイプライン

データ処理パイプライン

データベース

Brain/MINDS 実験データの管理・分析をするためのデータベース

データベース

ユニットリーダー

ウッドワード　アレクサンダー

ユニットリーダー

ユニットメンバー

ゴン　ルイ

研究員

石居　伊都子

テクニカルスタッフ

前田　真秀

テクニカルスタッフ

奥野　琢人

研究員

パパジアン フレデリック

テクニカルスタッフ

発表

Talks

  • Woodward, A. Brain Atlasing and Databasing in the Brain/MINDS Project. Neuroinformatics 2019.
  • Woodward, A. Computational techniques for 3D brain atlas construction of the Common Marmoset. 5th Eu-Japan Workshop on Neurorobotics/Cognitive Systems.

誌上論文

  • Woodward, A., Hashikawa, T., Maeda, M., Kaneko, T., Hikishima, K., Iriki, A., et al. (2018). The Brain/MINDS 3D Digital Marmoset Brain Atlas. Scientific Data, 5, 180009.  https://doi.org/10.1038/sdata.2018.9.
  • Woodward, A., Gong, R., Abe, H., Nakae, K., Hata, J., Skibbe, H., Yamaguchi, Y., Ishii, S., Okano, H., Yamamori, T., Ichinohe, N.
    The NanoZoomer Connectomics Pipeline for Tracer Injection Studies of the Marmoset Brain. bioRxiv 748376; https://doi.org/10.1101/748376

アブストラクト

  • Woodward, A, Gong, R., Abe, H., Skibbe, H., Nakae, K., Gutierrez, C. E., Tsukada, H., Maeda, M., Ichinohe, N, Yamaguchi, Y, (2019). Large-Scale Automatic Tracer Segmentation in Brain Section Fluorescence Images Using Artificial Intelligence. NEURO2019.
  • Woodward, A, Gong R, Yamaguchi, Y, (2018). Marmoset Brain Atlasing Techniques in the Brain/MINDS Project, Japan Society for Marmoset Research Meeting 2019.
  • Gong, R, Woodward, A, Nakae, K, Ichinohe, N, Watakabe, A, Yamamori, T, Yamaguchi, Y, (2018). The Brain/MINDS Cortical Flap Map for Visualize Neuroimaging Data. AINI2018.